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CP Pedro, buen día,
Tengo la siguiente consulta, brindaré un servicio legal a una persona física por el monto total de 8,000.00 (IVA incluido), la persona me dio un abono del 50% y lo transfirió a mi cuenta el 31 de julio/2019 y el 50% restante lo pagará antes del 31/ago, yo no me percaté del depósito en mi cuenta sino hasta el 03 de agosto/19, la duda es: ¿cómo debo expedir el CFDI? Tengo dudas si emitir un CFDI por el monto total de la operación y realizar un REP por la transferencia del 31/jul y otro cuando me paguen el 50% restante, ¿o cuál es el proceso correcto? Pues ya estamos en agosto y no sé si haya inconveniente en que el CFDI y su REP sean emitidos dentro del mes siguiente al de dicha transferencia.
De antemano agradezco su atención y el tiempo que se toma para contestar nuestras dudas. Saludos.

Es difícil estar validando la chequera para ver si alguien te hizo un depósito, así que creo que es una responsabilidad compartida. La Resolución Miscelánea Fiscal concede en algunos casos, el plazo de 72 horas para la expedición del CFDI, por lo cual debemos inferir que no se cumplió con el requisito.
No obstante, el cliente tiene hasta el 30 de abril del años siguiente para conseguir la documentación comprobatoria.
Si tu cliente presenta repetidamente solicitudes de devolución de IVA continuos, puede tener inconvenientes o rechazo.
Si ese es el caso, recomiendo regreses el depósito, considerarlo como préstamo y repetir la operación con efectos el mismo día, depósito y emisión de CFDI.
Conclusión, para ISR no tiene efecto, para IVA puede tener efecto si solicita el saldo a favor.