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Pregunta: en PP de ISR de una PM se pagó de más xq se estaban acumulando facturas canceladas, se hizo el ajuste cada mes y en varios meses quedaron saldos a favor, como son a cuenta, pensamos que se iría corriendo el saldo, más ahora en la anual, el SAT tiene registrado como pagos los que quedaron en las complementarias, es decir, mucho menos, lo cual ahora resulta lógico ya que la complementaria suple a la original, entonces esos saldos a favor, haciendo otras complementarias los puedo compensar vs el mismo isr, es decir no es pago de lo indebido, que opina?

El pago de lo indebido se presenta, entre otros casos, cuando no se hacen correctamente los cálculos en los términos de Ley y como consecuencia de ello se hace un pago en exceso, exactamente lo que sucedió según lo describes.
En mi opinión, es pago de lo indebido.