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Buen día primero quiero felicitar al equipo por su excelente labor. Tengo una cafetería con venta de alimentos preparados actualmente soy del régimen del resico, emito facturas CFDI con IVA al 16% . Mi duda es si una empresa moral consume en mi cafetería debo retenerle el 1.25 % y aparte cobrar el 16 % del IVA? . Tengo esa duda.

Así es: La empresa te deberá retener el 1.25% por concepto de ISR Ver 113-J y al trasladar el IVA, te deberá retener dos terceras partes y tú reflejarlo también en el CFDI ambas retenciones. Ver RLIVA 3
Gracias por tu felicitación.